يرجّح الباحثون أن اسم بخارى مشتق من الكلمة السغدية “بوخاراك” بمعنى “مكان محظوظ” أو “مكان الخير”، وهو أصل أقرب من فرضية أخرى أقل رجحاناً تربطه بالكلمة السنسكريتية “فيهارا” أي “الدير البوذي”، في إشارة إلى ماضي المنطقة قبل الإسلام.