يُعتقد أن اسم هرجيسا مشتق من العبارة العربية "هرر الصغير"، إذ أراد الشيخ مادار مؤسس المستوطنة أن تكون شبيهة بمدينة هرر الإثيوبية كمركز للتعليم الإسلامي، وهناك رأي آخر يربط الاسم بمعنى "مكان بيع الجلود" لأهمية تجارة الجلود في المنطقة.