نشأت هرجيسا في النصف الثاني من القرن التاسع عشر كمستوطنة دينية أسسها الشيخ مادار قرب محطة مياه على طريق تجاري للبدو الرحّل باتجاه هرر. جعلها البريطانيون عاصمة لصوماليلاند البريطانية سنة 1941، وهي اليوم عاصمة أرض الصومال التي أعلنت استقلالها الذاتي سنة 1991.