يُرجَّح أن اسم مقديشو مشتق من العبارة الفارسية "مقعد شاه" أي "مقعد الشاه"، ما يعكس النفوذ الفارسي القديم في المدينة كمركز تجاري بحري، فيما يرى بعض الباحثين أن أصله من الكلمة العربية "مقدسة" لمكانتها الدينية.