اسم سانتوريني الحالي جاء من الصليبيين والتجار البنادقة في القرن الثالث عشر، الذين أطلقوا عليها اسم “سانتا إيريني” أي “القديسة إيرين” نسبة إلى كنيسة تحمل اسمها في الجزيرة. أما اسمها اليوناني القديم فكان “ثيرا”، نسبة إلى المستوطن الإسبرطي ثيراس الذي أسس أول مستوطنة فيها.