مقدیشو کا نام فارسی فقرے "مقعد شاہ" یعنی "شاہ کی نشست" سے ماخوذ سمجھا جاتا ہے، جو شہر پر قدیم فارسی تجارتی اثر کو ظاہر کرتا ہے، البتہ کچھ علماء اسے عربی لفظ "مقدسہ" یعنی "مقدس" سے جوڑتے ہیں، جو اس کی مذہبی اہمیت کی طرف اشارہ ہے۔