شفشاون کی بنیاد 1471ء میں مولائے علی بن راشد نے رکھی، ایک پہاڑی قلعے کے طور پر جو مراکش کے ساحل پر پرتگالی توسیع کو روکنے کے لیے بنایا گیا۔ یہ جلد ہی اندلس سے غرناطہ کے سقوط کے بعد بھاگنے والے مسلمانوں اور یہودیوں کی پناہ گاہ بن گیا۔ بعد میں یہ اپنی نیلی رنگی دیواروں کی وجہ سے مشہور ہوا اور اسے "نیلا موتی" کہا جانے لگا۔