باتومی کا نام قدیم یونانی لفظ “باتھیس لیمین” سے آیا ہے، جس کا مطلب ہے “گہری بندرگاہ” — یہ شہر کی گہری قدرتی خلیج کی درست ترجمانی ہے جو بحیرہ اسود کے ساحل پر واقع ہے اور قدیم زمانے سے ایک اہم بندرگاہ رہی ہے۔ اس نام کا ذکر پہلی صدی عیسوی کی رومی جغرافیائی تحریروں میں بھی ملتا ہے۔